Полезная модель относится к биологической очистке природных вод, и может быть использована в различных отраслях промышленности для очистки бытовых, промышленных и близких к ним по составу загрязненных природных вод. В способе биологической очистки загрязненных природных вод, включающий внесение водных растений, в качестве водных растений используют нитчатые водоросли рода Cladophoraglomerata, в соотношении биомассы водорослей к объему воды 3:10. В зависимости от скорости водного потока, нитчатые водоросли помещают в решетчатые устройства из инертного материала, обеспечивающие контактирование с загрязненной водой. В предлагаемом способе для очистки вод от организмов-эвтрофикаторов и ионов тяжелых металлов, использование водорослей рода Cladophoraglomerata, способствует снижению содержания токсичных ингредиентов в воде и препятствует процессам эвтрофикации.